A intolerância à lactose pode ser diagnosticada por três testes:

Teste de tolerância. Consiste em fornecer lactose pura ao paciente e durante as horas seguintes, amostras de sangue indicam os níveis de glicose. Se a pessoa for tolerante à lactose, a concentração de glicose no sangue aumenta, e se for intolerante ela aumenta muito pouco ou não aumenta. Este teste não é usado em crianças muito novas, pois a grande carga de lactose pode causar diarréia e desidratação, acarretando sérios problemas .

Monitoração da quantidade de hidrogênio nos gases exalados pela respiração, após a ingestão da lactose. O hidrogênio é produzido na fermentação da lactose pelas bactérias quando ela chega ao intestino grosso, onde não deveria chegar. O hidrogênio é absorvido pelo intestino, transportado pela corrente sangüínea até os pulmões e, então, exalado pelo ar expirado. Se o paciente consumir leite, por exemplo, e a concentração de hidrogênio do ar exalado aumentar, isto indica que a lactose não foi propriamente digerida. Este teste, assim como o de tolerância à lactose, não é usado em crianças muito novas pelo mesmo motivo. Alguns medicamentos e alimentos, além de cigarro, podem interferir no teste.

Teste de acidez das fezes. Detecta os ácidos produzidos pela má digestão da lactose. Este teste é útil em crianças muito novas e pode fornecer alguma idéia se a criança é intolerante à lactose.